经营书店需要交纳的税种主要包括以下几种：
增值税
小规模纳税人增值税税率为4%。
一般纳税人增值税税率为13%。
企业所得税
应税所得额在3万元（含）以下的企业，暂减按18%的税率征收所得税。
年应纳税所得额在10万元（含）以下至3万元的企业，按27%的税率征收所得税。
一般企业所得税税率为33%。
城建税
增值税的7%。
教育费附加
增值税的3%。
个人所得税
个体户需缴纳个人所得税，具体税率约为2%左右。
其他附加费用
防洪费等其他费用，具体比例各地不同。
印花税
购销合同的万分之三。
此外，根据相关政策法规，某些特定类型的书店可能享有税收优惠政策。例如，新华书店作为国家文化改制试点单位，可以免征企业所得税、营业税、城镇土地使用税及房产税等6大税种。
建议：
个体户书店需要按照核定的定额缴纳增值税、城建税、教育费附加和个人所得税。
企业性质的书店需要按照一般纳税人的标准缴纳增值税和企业所得税。
仔细研究相关税收优惠政策，合理利用税收减免，降低经营成本。