肛门HPV感染的自觉症状多不明显，有时可感肛周灼痛、瘙痒及压迫感等，肛门周围尖锐湿疣初发时可见少数微小淡红色丘疹，渐增大、增多，倾向融合或互相重叠，呈大小不等的肉芽状增殖物，性质柔软，部分皮损根部可有蒂。因分泌物浸润表面可呈白色、污灰色、红色或有出血表现，颗粒间积有脓液、发出恶臭味。由于局部搔抓、摩擦，可使疣体破损、表面糜烂而出现渗液、出血和继发感染，同时疣体的增长尤为明显。
如果肛门上出现长肉芽的情况是痔疮疾病引发的，很有可能是内痔。只有患上内痔和混合痔疾病，患者在排便的过程中才会出现肿物突出的情况，所以要进行积极的治疗。在初期的肿物突出，一般能够自行回收到肛门之内。而随着疾病的严重化发展，脱出的肿物回收的功能变得越来越差，最终直接呈现在肛门外，被认为是肉芽组织。
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