客车非法营运的管理和处罚由 交通运输管理部门负责。具体来说，根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
在实际执法中，运管部门会根据举报或巡查发现的情况，对涉嫌非法营运的车辆进行查处。例如，市交通执法支队四大队在接到通报后，迅速行动，查获了一辆不具备校车和客车运营资质的车辆，并依法暂扣车辆。此外，各地交通运输综合行政执法大队也会通过大数据分析、布控等方式，对非法营运车辆进行打击。
因此，如果您发现客车非法营运行为，可以向当地的运管所举报，也可以拨打12328交通运输服务监督电话进行举报。