当合作社跑路时，可以采取以下措施来维护自己的权益：
向劳动监察部门投诉：
员工可以向当地劳动监察部门报告合作社老板失联情况，以便劳动监察部门介入调查并采取相应措施。
收集证据：
员工应收集与合作社的交易记录、工资单、工时记录等证据，以便在后续的法律程序中使用。
咨询律师：
员工可以咨询专业律师，了解自己的权益，并在必要时提起诉讼。律师可以帮助员工评估案件的可行性，并提供专业的法律建议。
报警处理：
如果合作社的行为涉嫌非法集资或诈骗，员工可以向公安机关报案。根据《中华人民共和国刑法》第一百九十二条，合作社老板可能面临三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
提起诉讼：
员工可以依据《中华人民共和国民事诉讼法》向法院提起诉讼，要求合作社退还存款或赔偿损失。在诉讼过程中，员工需要提供转账凭证等证据来支持自己的主张。
联合其他受害者：
员工应与其他受影响的员工保持联系，共同维权，这样可以增加维权的力度和效果。
向人民检察院申请监督：
如果认为公安机关在处理合作社跑路事件中有不作为的情况，可以向人民检察院侦查监督部门申请监督，要求检察院对公安机关的不作为行为依法进行立案监督或者侦查监督。
向公安机关内部投诉：
员工还可以向公安机关内部的警务督查部门投诉，要求警务督查部门依法进行督查。
通过以上措施，员工可以多方面维护自己的合法权益，减少损失。在处理此类问题时，建议员工保持冷静，有序地采取法律手段，并积极寻求专业律师的帮助。