查询低保户的银行存款主要有以下几种方式：
直接查询银行
民政部门可以直接向银行提出要求，查询低保户的银行存款账户，以确认其家庭财产状况。
信息共享
民政部门与银行、劳动保障、住建等部门建立信息共享平台，通过这些平台可以更高效地核实低保户的家庭收入和财产情况。
抽样检查
民政部门会定期进行抽检，通过随机抽取一部分低保户的信息来验证之前得到的信息是否准确无误。
公开透明公示
低保户的相关信息，如家庭经济状况等，会在一定范围内进行公布，接受社会监督。
申请人提供信息
在申请低保时，申请人需要提供自己的银行存款账号，以便民政部门核实家庭财产状况。
法律依据
根据《城市居民最低生活保障待遇审批表》，管理审批机关在审批过程中可以通过入户调查、邻里访问以及信函索证等方式对申请人的家庭经济状况和实际生活水平进行调查核实。
综上所述，民政部门在查询低保户的银行存款时，会结合直接查询、信息共享、抽样检查等多种手段，以确保信息的准确性和可靠性。同时，申请人也有责任提供真实准确的银行账户信息，以便顺利完成低保申请的核查。