迁户口后，合作医疗的处理方式有以下几种：
继续使用
户口迁出地继续使用到本次到期为止，当事人可以把医保迁入到户口所在地登记，并继续使用。
办理迁移手续
当事人需要带上本人的户口本、身份证、社保卡，具体咨询户口迁入地的（村）居委会工作人员，并根据对方的建议，办理相关手续。
重新购买
合作医疗是一年买一次，当事人也可以在新的户口地址处进行重新购买，这样也能享受到合作医疗待遇。
转移手续
到原来的户口所在地农村合作医疗管理机构办理转移手续，提供相关证明材料，如户口迁移证、身份证、原来的农村合作医疗证等，然后在新的户口所在地参加当地的农村合作医疗。
参加新的医保
如果户口迁移后需要办理城镇医疗保险，可以持户口簿、身份证（原件和复印件）、3张1寸彩色照片，到区市民服务中心办理城镇居民基本医疗保险。
续缴保费
迁完户口后，新农合在新的户籍所在地缴费参合即可，新农合为一年一缴费，一年一参合，不缴费视为既定参，因此无须办理什么迁移手续。
建议：
当事人可以根据自己的实际情况选择合适的方式进行办理，提前咨询当地的相关部门，确保手续齐全、流程顺畅。