医疗废物带有大量的病菌，如果处理不当不仅会对环境造成严重污染，还可能引起疾病流行，医疗废物主要包括手术过程中产生的人体组织器官、血制品残余物、动物试验与生物培养余物、一次性的医疗用品及敷料、废水处理的污泥等、过期药品、废显(定)影液等，严格来说包括病人接触过的、来自病人身上的各种废物，以及医院办公室、医院食堂等地产生的生活垃圾。按卫生部的规定，手术中产生的组织器官、传染科病人的生活垃圾以及试验用的动物尸体等均须经过焚烧处理但这些医用焚烧炉为小型焚烧炉，无二次燃烧室，炉温低，没有安装尾气净化装置。尾气中含有的二恶英会对空气造成二次污染;又因为许多医院位于人口密集的市区，产生的不良气体给周围的居民造成一定的影响。
按照有关规定，医疗单位的一次性医疗用品如一次性输液器、输血器等有市医疗卫生用品无害化处理站回收利用。由于缺少专门的运输工具，在运输过程中可能出现污染扩散，处理站消毒后的废水也会造成二次污染。关于一次性用品是否可以回收利用现在在国内也存在着争议，按照国际临床废物处理的惯例，一次性医疗用品应该彻底销毁，是不能够回收利用的。国外对医疗垃圾的问题非常重视，1995～2001年欧盟投资了5000万欧元用于医疗垃圾处理的研究。目前国际上处理医疗垃圾的主要方法仍然是焚烧法、等离子体等处理技术。结合我国的国情，以建设高焚烧炉、区域性集中处理方式处理医疗废物，达到彻底破坏有害物质的目的。
焚烧法是一种高温热处理技术，即以一定的过剩空气量与被处理的有机废物在焚烧炉内进行氧化燃烧反应。废物中的有害有毒物质在高温下氧化、热解而被破坏，是一种可同时实现无害化、减量化、资源化的处理技术。焚烧法处理危险废物是目前世界上应用广泛最成熟的一种热处理技术。
除了用于医疗废物的处理之外，高浓度有机废液、废油渣、有机污泥多氯联苯类废物等一般采用也采用焚烧法处理。
等离子体处理危险废物是采用等离子火炬或弧将废物加热至超高温(一般控制在3000～5000℃，最高可超过10，000℃)，此时基本粒子的活动能量远大于任何分子间化学键的作用，物质的微观运动以原子热运动为主，原有的物质被打破为原子状态，使其丧失活力，从而将复杂的物质转化为简单的无害物质。该方法在美国经过10余年的研究，已经开始工业化运行，效果十分显著。微波处理技术是采用微波辐射，在300—300，000MH2之间的光谱从废物内部加热使微生物失活。