斯拉夫人从5世纪中叶左右开始南下进入巴尔干地区，到9世纪，科索沃地区主要生活着塞尔维亚人。但是在此之前，科索沃地区的早期居民是阿尔巴尼亚人的祖先。但除了阿尔巴尼亚人之外，也存在着弗拉克人。随着斯拉夫人迁居到巴尔干，科索沃的斯拉夫人人数出现增多、阿尔巴尼亚人人数出现减少。但是在中世纪时期，“科索沃的主要居民是弗拉克人。目前已知的是，12世纪达昌修道院下辖266个弗拉克人农户，普里兹伦阿尔汉格尔修道院下辖500个弗拉克人农户。”但是在后来的科索沃历史中，弗拉克人渐渐湮没无闻。
1389年，奥斯曼帝国的军队入侵塞尔维亚人的领地，双方在科索沃展开激战。塞尔维亚族兵败后，科索沃的塞尔维亚族人北迁，多数塞尔维亚族人离开了科索沃。科索沃战役的惨烈以及塞尔维亚族人在此役中展现出的英雄气概深深地印刻在了塞尔维亚族人的民族记忆当中，这一战役成为塞尔维亚族的许多史诗的题材。这也使得塞尔维亚族人对科索沃地区形成了浓重的民族情结，他们将科索沃视为本民族的摇篮。需要提及的是，在这场战争中参战的还有其他南部斯拉夫人以及阿尔巴尼亚人，但是这一点后来被塞尔维亚人有意地忽略了。
在奥斯曼帝国统治时期，由于阿尔巴尼亚人大多皈依了伊斯兰教，因此其政治地位高于塞尔维亚族人。在此期间，大量的阿尔巴尼亚人进入科索沃定居。移民的高潮出现在18、19世纪，由此阿尔巴尼亚族成为科索沃当地占主导地位的民族。科索沃的这种以阿尔巴尼亚族人居多的状态一直持续了下来。因此，自奥斯曼帝国统治时期起，阿尔巴尼亚族和塞尔维亚族之间的敌意就已经比较明显了。
第一次巴尔干战争后，塞尔维亚族人在失去科索沃地区500多年后再一次获得了这个被塞尔维亚族人视为民族起源地的地区。但是在“1912年，巴尔干历史上首次有现代国家想利用军事冲突来达到长期的人口目标。在前奥斯曼帝国的科索沃和莫纳斯提尔地区，胜利的塞尔维亚军队杀死了大概上千的平民……有些塞尔维亚军官曾不经意谈到要 ‘消灭’阿尔巴尼亚人”。
但是到1914年，塞尔维亚对科索沃的控制权又被奥匈帝国和保加利亚获得——“塞尔维亚曾长期期待再次将科索沃地区收回自己的怀抱，但在此梦想实现后不久，到第一世界大战期间东南欧地区出现的不稳定和遭到的普遍破坏就中止了这一梦想”。在第一次世界大战中，协约国曾允许塞尔维亚军队占领刚独立不久的阿尔巴尼亚的战略要地。在1915年6月，塞尔维亚军队曾进入阿尔巴尼亚并占领阿尔巴尼亚首都地拉那。黑山军队也进入阿尔巴尼亚北部，占领斯库台等地。而在此期间阿尔巴尼亚族的非正规军也曾对正在撤退的塞尔维亚族人进行了追击。
到“一战”后，塞尔维亚才重获科索沃。在“第一南斯拉夫”时期发生的主要的人口迁徙活动就是塞尔维亚人和黑山人向伏伊伏丁那、马其顿、科索沃等地区移民。这种移民活动是在由塞尔维亚方面主导的南斯拉夫中央政府的号召下进行的，其目的是用本民族的居民“充实”边疆地区。在此过程中南斯拉夫政府为移民到科索沃地区的塞尔维亚族人和黑山人提供了用作生产、生活资料的土地。1919～1930年间有5795个塞尔维亚族、黑山族家庭移居到科索沃，1931～1941年间迁到科索沃的家庭约为11383个。而且阿尔巴尼亚人也倾向于向外迁出，“据估计，从1918年到1944年，有将近24万阿尔巴尼亚人移居土耳其，而这些年中科索沃斯拉夫居民的人数增加到占人口总数的25% ～30%。”随着两族人口的迁入，科索沃地区的民族对立局面激化了，阿尔巴尼亚族和塞尔维亚族、黑山族之间时常爆发小规模的冲突。双方都生活在各自的社区当中，当地的民族格局显得泾渭分明。
“二战”中，阿尔巴尼亚受到意大利的控制。但是在“二战”期间阿尔巴尼亚人也分成两种武装力量，一种是亲纳粹的，如“阿尔巴尼亚民族阵线”；另一种是反纳粹的，如“阿尔巴尼亚共产党”。1941年轴心国进攻南斯拉夫王国期间，部分阿尔巴尼亚族人曾配合意大利和德国侵略南斯拉夫。南斯拉夫覆灭后，科索沃被划归阿尔巴尼亚，科索沃的许多阿尔巴尼亚族人反对南斯拉夫共产党和阿尔巴尼亚共产党的部队，“大部分科索沃人民被德国占领者蒙骗，甘愿为德军效劳，加入叛徒的行列，拿起武器反对南斯拉夫和阿尔巴尼亚人民解放军。他们猛烈攻击阿尔巴尼亚南部的阿尔巴尼亚居民，烧杀抢掠，无所不做”。此外，由阿尔巴尼亚穆斯林组成的“斯坎德培”党卫军师也对塞尔维亚游击队进行打击。阿尔巴尼亚族的游击部队曾杀害了许多南斯拉夫人并与南斯拉夫共产党的游击队作战，直到南斯拉夫解放之后仍然存在着一些保持着完整编制的阿尔巴尼亚族武装力量。1948年，铁托曾命令他的秘书长亚历山大·兰科维奇（Aleksander Rankovic）开展一场打击阿尔巴尼亚族游击部队的行动。
同“一战”后的情况一样，“二战”后又一次出现了塞尔维亚族人、黑山人向科索沃地区移民的浪潮。随着塞尔维亚族人和黑山人的迁入，科索沃的阿尔巴尼亚族人对当地的塞尔维亚族人和黑山人做出了排斥性的举动。在1941年至1981年期间，超过10万名塞尔维亚族人和黑山人离开了科索沃，这也就是说，科索沃地区有接近一半的塞尔维亚族人、黑山人被迫放弃了继续在当地生活。从1989年至1993年，又有超过6000名塞尔维亚族人和1200名黑山人从科索沃迁出。
另一方面，科索沃地区的阿尔巴尼亚族人口的增长率一直很高。自第二次世界大战以来，科索沃地区的阿尔巴尼亚族人口出现了大幅的增长。又由于塞尔维亚族人和黑山人不断从科索沃迁出，在此长彼消之间，科索沃地区的阿尔巴尼亚族人口的比例从1971年的65%增长到了1981年的77%, 到南斯拉夫解体之际阿尔巴尼亚族人口的比例已经超过了90%。
塞尔维亚族人一直宣称阿尔巴尼亚族人系统地“驱赶”塞尔维亚族人和黑山族人离开科索沃省，他们提出，阿尔巴尼亚族人对塞尔维亚族人、黑山族人实施了众多恐怖活动。塞尔维亚族人还宣称阿尔巴尼亚族人企图脱离南斯拉夫、让科索沃并入阿尔巴尼亚。基于这个理由，塞尔维亚族人宣称自己有权利并且有义务阻止阿尔巴尼亚族人的分裂行径。阿尔巴尼亚族人则宣称，“对于科索沃地区的居民来说，完全不存在政治生活，南斯拉夫政府不正常地、高强度地动员镇压性的国家机器，完全不存在政治民主，阿尔巴尼亚族人的生活状况极度困难”。尽管南斯拉夫中央政府对科索沃地区的阿尔巴尼亚族人的势力进行压制的力度在持续增长，如警察机关在科索沃实行了高压政策，法院也对任何公开谈论实行自治的阿尔巴尼亚族人进行严厉的审判，但是，阿尔巴尼亚族人一直在进行秘密的政治活动。随着双方对立程度的升级，在1968年、1981年和1989～1990年南斯拉夫曾三次调集正规军平息塞尔维亚族和阿尔巴尼亚族之间的民族冲突。有文献指出，“1981年以后，先后四次宣布科索沃进入紧急状况。当局在1981年对一次至少有20万人参加的抗议示威游行动用坦克以稳定政治局势。”
在20世纪90年代末，科索沃地区的阿尔巴尼亚族与南斯拉夫中央政府的敌对已经达到了不可调和的程度。科索沃方面要求独立的呼声高涨，而塞尔维亚方面无法容忍科索沃的独立。在1990年9月7日，此前已经被南斯拉夫中央政府解散了的科索沃议会在召开的秘密会议上通过了宣布科索沃为南联邦的一个加盟国家以及公布一部宪法的决议。这构成了对塞尔维亚族人的直接挑战，双方的民族关系高度紧张。在1990年之前，科索沃地区在南联邦内享有高度自治权。但是随着科索沃局势的动荡，南联邦在1990年决定收缩科索沃享有的自治权。这反而加速了科索沃的阿尔巴尼亚族人口的独立进程。1991年，科索沃的阿尔巴尼亚族居民举行“全民公决”，宣布独立，建立“科索沃共和国”，阿尔巴尼亚承认了这个国家。1992年，“科索沃共和国”选举鲁戈瓦为“总统”。
伴随政治上的独立动作的是武装行动。“自1991年起，科索沃的阿尔巴尼亚族组成非法武装，不断进行恐怖活动，自1991年至1998年初共逾200余次。”科索沃方面还组建了非法武装“科索沃解放军”。在1996年，双方最终兵戎相见。在1996～1999年期间，南联盟的部队与科索沃解放军持续发生武装冲突。
到1999年，北约干预科索沃事件，对南联盟实施直接的空中打击。“1999年3月15日发生在拉察克村的惨案使塞尔维亚族与阿尔尼亚族之间的矛盾与冲突达到了登峰造极的地步，而3月25日凌晨的爆炸声揭开了北约对南联盟狂轰滥炸的序幕。”北约的轰炸制造了“二战”以来欧洲最大的难民潮。“在1999年科索沃战争爆发时，约有50万名科索沃人逃到了阿尔巴尼亚。”在当年春天逃到马其顿的难民人数超过了25万，也就是说，当时马其顿共和国的每八个人中就有一个人是阿尔巴尼亚族难民。
目前，科索沃问题仍没有得到彻底解决。虽然当地驻扎着大批北约部队，但是暴力事件仍然时有发生。例如，“从1999年6月12日至2000年1月13日便发生阿尔巴尼亚族极端分子制造的恐怖事件3688起，造成684名塞尔维亚族人和黑山人死亡，5万余间房屋被毁，同时还有15万塞尔维亚族人和黑山人外逃”。1999年秋季，科索沃地区仅“剩下10万左右的塞尔维亚族人，与此同时约有70多万阿尔巴尼亚族人自境外返回，使科索沃几成为清一色的阿尔巴尼亚族人的天下”。在这种情况下，阿尔巴尼亚族人压迫塞尔维亚族人的情况成为科索沃的新局面。意大利外长曾指出：“塞尔维亚人事实上正在遭到种族清洗”。法国《新观察家报》杂志也指出：“现在角色变换了，是阿尔巴尼亚人在杀塞尔维亚族人。”
除了当地局势外，科索沃地位问题亦悬而未决。联合国最终通过的、关于科索沃问题的“1244号决议既没有宣布科索沃独立，也没有为科索沃提供一个决定该省的未来和最终地位的具体而明确的时间表”。科索沃虽然在2008年宣布独立并且在事实上已经实现了独立，但是塞尔维亚并没有承认科索沃的独立，国际社会也没有完全承认其独立地位。
科索沃地区的这种阿尔巴尼亚族和塞尔维亚族多次交换统治地位的特殊历史以及两族人口交错杂居的局面使两族人民种下了深厚的民族积怨，这势必影响两国关系的发展。