在司法程序中，被告承担举证责任的原因主要涉及以下几个方面：
依法行政原则
被告负举证责任是依法行政原则的应有内涵。依法行政原则要求行政机关在行使职权时必须依据法律，并且必须遵守法定程序。在作出行政行为之前，行政机关需要充分收集证据，确保其行为的合法性。因此，当行政行为被诉至法院时，被告需要提供充分的证据证明其行为的合法性。
举证能力优势
行政机关在行政程序中处于主动地位，具备专业知识和技术条件，能够更充分、更现实地收集证据。相比之下，原告往往处于被动地位，难以收集或保全证据。因此，由被告承担举证责任是公允且合理的。
“谁主张，谁举证”原则的特殊体现
虽然一般原则是“谁主张，谁举证”，但在行政诉讼中，由于行政机关和原告在举证能力上的差异，由被告承担举证责任是这一原则的特殊体现。这有助于确保行政诉讼的公正性和效率。
避免司法资源浪费
如果要求原告承担行政机关行为的举证责任，原告在证明诽谤内容真伪时将面临极大的困难，这可能导致所有诽谤行为都无法被定罪，因为原告需要证明被告所述事实不存在。由被告承担举证责任可以降低司法成本，尽快给社会一个结果，使为非作歹者受到惩处。
立法政策考量和行政导向
由被告承担举证责任也是立法政策上的考量和行政导向的体现。这有助于强化行政机关在作出行政行为时的证据意识和责任意识，促进依法行政。
综上所述，被告在行政诉讼中承担举证责任，是为了确保行政行为的合法性，保障司法公正，并提高司法效率。