工程款在财务会计中主要涉及两个科目：
应付账款
工程款是企业因购买商品或接受服务而尚未支付完成的款项，通常包括工程预付款、工程进度款、工程尾款等。因此，工程款属于应付账款的一种形式，用于记录企业在工程项目过程中尚未支付完成的款项，确保各方权益得到保障。
工程结算
工程结算是指建设单位与施工单位之间，根据已完成的工程量及合同约定，进行工程价款的计算和支付。这一过程涉及对已完成工程的验收、工程量的确认以及工程价款的计算等多个环节。因此，工程款在会计科目中被归为工程结算科目，这不仅反映了企业与建设单位之间的经济合作，也体现了工程进度的实际完成情况。
在建工程
当企业支付工程款时，如果款项用于在建工程，则应记入“在建工程”科目。综上所述，工程款主要计入“应付账款”或“在建工程”科目，具体处理方式需根据企业业务类型和实际情况进行判断。
建议：
在实际会计处理中，企业应根据具体的业务类型和实际情况选择合适的会计科目进行核算。例如，当款项已经支付并且用于在建工程时，应记入“在建工程”科目；当款项尚未支付时，则应记入“应付账款”科目。同时，在工程完工并验收合格后，还需要将“工程施工”科目的余额结转到“主营业务收入”科目。