国税扣款的处理方式主要包括以下几个步骤：
收到应缴国税通知后的会计处理
企业在收到应缴的国税通知后，会在会计上产生对应的会计处理。通常，这部分税款会从企业的收入中扣除，并转入相应的税金科目进行记录。在会计分录中，借方会记录税金及附加科目，贷方则记录现金或银行存款等科目。通过这样的分录处理，可以清晰地反映出企业的税务支出情况。
通过银行转账缴纳国税罚款
按照税收征收管理办法规定，企业国税罚款的缴纳一般是通过银行转账缴纳的，因为税务局是不会直接收取现金的。企业因为拖欠国税的滞纳金罚款费用，在税务局开具罚单后到开户银行进行缴纳即可。转账缴纳罚款的手续和平时去银行交税是一样的，需要加盖企业财务专用章、法人代表章和出纳章等银行预留印章。
支付国税罚款和滞纳金的会计分录
企业支付国税罚款时，会计分录为：借：营业外支出--罚款支出，贷：银行存款。
企业支付罚款滞纳金时，会计分录为：借：营业外支出--滞纳金，贷：银行存款。
结转本年利润
企业发生国税罚款，应当通过“营业外支出”相关二级科目核算。在结转本年利润时，需要将营业外支出--罚款支出和营业外支出--滞纳金转入本年利润科目，即：借：本年利润，贷：营业外支出--罚款支出，营业外支出--滞纳金。
退税处理
如果发现多扣的增值税，可以暂时入账：借：应交税金--增值税，贷：银行存款等。之后，如果需要退税，可以按照规定办理退税手续，例如通过红字发票冲减：借：应交税金--增值税（红字），贷：银行存款等（红字）。
确认扣款缘由和处理疑问
首先核实款项被扣缘由，对卡上的交易有疑问，可以打银行客服热线反映，银行会帮助查询。如果税款已经从银行账户上划走但仍未成功缴纳，可能是国库连接问题，需要联系银行或税务局解决。
选择合适的扣款方式
国税逾期缴款可以通过多种方式缴纳罚款，包括网上缴纳、银行转账、现金、支票或银行汇款。选择合适的扣款方式时，应确保及时缴纳罚款，避免产生更多的滞纳金，并妥善保存缴款证明。
建议企业在处理国税扣款时，严格按照相关税法规定和银行操作流程进行，确保税务处理的准确性和及时性，避免因操作不当产生不必要的罚款和滞纳金。