港澳签注是印于 港澳通行证上的注释，证明持有人可合法前往香港或澳门。签注上会注明持有人此次前往香港或澳门的目的、行程时间等，同时也代表可前往的次数。在申请港澳通行证时，需要选择前往的目的地，如选择了香港，则签注为香港签注，选择澳门则签注为澳门签注。通行证上的签注通常注明了可以前往的次数，目前办理的通行证通常为2次，次数用完后，可以申请续签。
签注的种类包括：
探亲签注（T）：
用于探望在香港或澳门的亲属。
商务签注（S）：
用于因商务活动前往香港或澳门。
团队旅游签注（L）：
用于随旅行团前往香港或澳门。
个人旅游签注（G）：
用于个人自由行前往香港或澳门。
其他签注（Q）：
用于其他特定目的前往香港或澳门。
逗留签注（D）：
用于在香港或澳门停留。
持证人须在往来港澳通行证和签注有效期内，按照规定的次数和停留时限往来香港或者澳门。来港澳前，必须取得内地公安部门签发有关来港澳目的的签注。