工程竣工审计主要包括以下几个方面：
资料审查
审查竣工决算资料的完整性。
审核竣工财务决算报表和说明书的完整性、真实性。
审查各项建设投资支出的真实性、合规性。
审查建设工程竣工结算的真实性、合规性。
审查概算执行情况。
审查交付使用资产的真实性和完整性。
审查结余资金及基建收入。
审查尾工工程。
合同审计
审查施工合同条款，包括合同价格模式、工程结算模式、工期要求、质量标准、索赔和反索赔条件等。
财务审计
审查建设单位的竣工验收工作是否符合规定。
审核建设成本节约和超支的原因。
审查转出投资、应核销投资和应核销支出的列支依据是否充分，手续是否完备。
效益审计
审查、评价投资效益，包括物资使用、新增生产能力、预测投资回收期等方面。
其他审计
审查建设工期是否按计划开工和竣工。
审查工程质量是否符合国家标准。
核实尾工工程的未完工程量，防止将新增项目列为尾工项目。
以上审计内容有助于确保建设资金的合理、合法使用，正确评价投资效果，促进总结建设经验，提高建设项目管理水平