南通药店需要办理的证件包括：
《药品经营许可证》：
这是开设药店的基本证件，用于证明药房具备合法的药品经营条件。
《医疗器械经营许可证》：
用于证明药房具备合法经营医疗器械的资格。
《营业执照》：
证明药房的合法经营资格，需向市场监督管理部门申请。
税务登记证：
用于药房依法纳税，向税务部门办理。
卫生许可证：
证明药房符合卫生标准。
健康证：
药店工作人员必须持有的健康证明。
GSP认证：
药品经营质量管理规范认证，证明药房按照高标准管理。
执业药师证：
执业药师是药店必备的专业技术人员，需要具备相关专业背景和工作经验，并通过国家组织的考试。
如果药店经营的药店内包含保健食品，还需要向药监申请《保健食品经营许可证》。
建议在准备这些证件时，详细咨询当地的市场监督管理部门和药监部门，以确保所有手续和材料都符合要求。