公司缴纳个人所得税的方式如下：
个人所得税的计算
应纳税所得额：应纳税所得额 = 月收入 - 五险一金 - 起征点 - 依法确定的其他扣除 - 专项附加扣除。
税率：
综合所得适用3%至45%的超额累进税率。
经营所得适用5%至35%的超额累进税率。
利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得的税率为20%。
速算扣除数：根据不同的应纳税所得额，有不同的速算扣除数。
代扣代缴
公司为员工代扣代缴个人所得税，即在发放工资时，根据员工的收入情况，按照税法规定的税率和扣除标准，计算出应缴纳的个人所得税，并从员工工资中扣除。
申报缴纳
公司需要按时向税务部门申报并缴纳代扣代缴的个人所得税。
申报方式包括直接到主管税务机关办税服务厅申报、邮寄申报、数据电文申报（如电话申报、计算机网络申报等）。
其他注意事项
起征点：个人所得税起征点为每月5000元，即收入不超过5000元免征个人所得税。
专项附加扣除：包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等项目。
其他扣除：可能包括三险一金等特定扣除项。
综上所述，公司缴纳个人所得税主要是通过代扣代缴的方式，按照税法规定的税率和扣除标准计算税额，并按时向税务部门申报和缴纳。