当工程结算超出预算时，可以采取以下步骤来处理：
审查合同条款
检查合同中关于预算变动的条款，如果有明确的调整机制，则按照合同规定进行预算调整。
与业主协商
如果合同中没有具体规定，需要与业主或相关方进行协商，明确超预算的原因、责任归属以及调整方案。
准备充分的资料和证据，如工程变更单、签证单、施工图纸、材料价格变动证明等，以支持超预算的合理性和必要性。
法律途径
如果协商不成，可以寻求法律途径解决，咨询专业律师的意见，了解相关法律规定和诉讼流程。
结算书准备
确保结算书明确列出已完成工程的工程量、单价及总价等信息，数据要准确完整。
款项支付
若业主对结算书无异议，按照合同约定的支付方式和时间节点支付款项。
若业主有异议或拒绝支付，可继续协商或采取法律途径解决。
保留证据
在申请款项时，保留相关证据和文件，如银行转账记录、发票等，以备日后查询和证明。
重新评估预算
分析超支原因，评估是否需要重新调整预算计划、优化施工方案或寻找成本效益更高的替代材料。
风险管理
强化项目管理，严格监控后续开支，避免再次超出预算。
遵循法律规定
根据《建设工程价款结算暂行办法》和《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》等相关法律法规处理。
合同备案
如果存在多个合同版本，应以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
期限答复
若合同中约定了发包人应在收到竣工结算文件后一定期限内答复，逾期未答复则视为认可，可以据此请求按照竣工结算文件结算工程价款。
以上步骤可以帮助承包人在面对工程结算超预算的情况时，采取适当的措施来维护自身权益并确保工程款的合理支付。需要注意的是，具体情况可能因合同内容和实际施工情况而异，因此在处理过程中应灵活应对，并考虑咨询专业法律人士的意见